تسبب الصراع المسلح في جنوب السودان بين القوات الحكومية والقوات الموالية لريك مشار النائب السابق لرئيس جنوب السودان السابق سليفا كير، في خسارة اقتصادية كبيرة بسبب تأثر إنتاج الجنوب من النفط الخام جراء توقف حقول الإنتاج في ولاية الوحدة، مما تسبب في تراجع الإنتاج بمقدار 45 ألف برميل يوميا وذلك حسب وزير نفط جنوب السودان ستيفن ديو داو، وثمة تقديرات سابقة تشير أن إنتاج جنوب السودان من النفط يبلغ 245 ألف برميل يومياً، وفي ضوء الصراع المشتعل حاليا في جنوب السودان لزم توضيح بعض المعلومات حول قطاع النفط هناك، إلا أنه يجب التنويه بأن بعض البيانات المتاحة تجمع كل من السودان وجنوب السودان معاً أي قبل انفصال الجنوب، وذلك بسبب ندرة البيانات المتاحة حول النفط في جنوب السودان.
تقع معظم احتياطيات النفط في السودان و جنوب السودان في حوضي مقلد وميلوت التي تمتد عبر البلدين، وغالبا ما يتم حرق أو إعادة حقن الغاز الطبيعي المصاحب للنفط دون أن تستفيد به الدولتين في الإنتاج أو الاستهلاك، ووفق مجلة النفط والغاز الأمريكية، فإن السودان و جنوب السودان لديها 5 مليارات برميل احتياطيات من النفط الخام في بداية 2013، وذكر التقرير الإحصائي لشركة بريتيش بتروليوم البريطانية 2013، أنه يوجد ما يقرب من 3.5 مليار برميل من الاحتياطات في جنوب السودان، و1.5 مليار برميل في السودان، وفيما يتعلق بالغاز الطبيعي على الرغم من ثبوت احتياطيات تقدر بنحو 3 تريليون قدم مكعب في الدولتين، إلا أن تطوير الغاز مازال محدودا، وفي عام 2011 قدرت الإدارة الأمريكية للمحيطات والغلاف الجوي أن هناك 11.8 مليار قدم مكعب من الغاز الطبيعي تم حرقه وهو ما يمثل حوالي 0.2 % من الغاز الطبعيي المحروق عالميا.
وقد بلغ إجمالي إنتاج النفط ذروته في 2010 حيث بلغ نحو 486 ألف برميل يوميا، لكنه انخفض إلى 453 ألف برميل يوميا عام 2011، ويعزى الإنخفاض في الإنتاج بسبب انخفاض الاستثمار في تطوير الحقول الموجودة في السودان، فضلا عن النقص في العمال المهرة في جنوب السودان عام 2011، وفي نفس السياق في أبريل 2011 تعطل الإنتاج لفترة وجيزة في جنوب السودان بسبب طرد العمال السودانيين من الحقول الجنوبية.
وفي عام 2012، انخفض الإنتاج المشترك لكل من السودان و جنوب السودان إلى حوالي 115 ألف برميل يوميا، بسبب إغلاق جنوب السودان آبار الإنتاج في نهاية 2012، وبلغ متوسط الخسارة في كلا البلدين نحو 315 - 320 ألف برميل يوميا عام 2012، وبلغ ذورته في منتصف 2012 ليصل إلى 370 ألف برميل يوميا بسبب الاشتباكات العسكرية حول حقل هيجليج.
وتعد الصين الوجهة الرئيسية لصادرات النفط الخام للسودان وجنوب السودان، ففي عام 2011 شكلت صادراتهما 5 % من إجمالي واردات الصين من النفط الخام، ولكن في عام 2012 انخفضت هذه النسبة إلى أقل من 1% بسبب إغلاق آبار الإنتاج في جنوب السودان، وقد بلغ متوسط صادرات الدولتين من النفط الخاك والمكثفات في عام 2011 نحو 337 ألف برميل يويما، واستوردت الصين نحو 260 ألف برميل يوميا خلال نفس العام، وذلك حسب Global Trade Atlas and FACTS Global Energy، وفي عام 2012 انخفضت صادرات النفط الخام من السودان وجنوب السودان إلى النصف تقريبا، ورغم ذلك فإن الصين مازلت تسحوذ على حوالي 80% من صادرات النفطية للدوليتن.